Übungen zur Vorlesung "Computermethoden in der Biotechnologie" 3

1. Suchen Sie in einer Strukturdatenbank den Eintrag für die Cytochrom-Oxidase aus P. denitrificans.
   Hinweis: Suchen Sie unter http://www.ebi.ac.uk.
2. Laden Sie das Programm RasMol von http://www.umass.edu/microbio/rasmol
3. Laden Sie die Struktur in Rasmol
4. Zeigen Sie die Struktur zunächst in der Cartoon-Darstellung. Probieren Sie verschiedene Färbungen aus (Chain, Temperature, CPK).
5. Selektieren Sie die Heteroatome mit Ausnahme von Wasser und stellen Sie sie als Kalottenmodell (spacefill dar). Selektieren Sie die Hämgruppen (HEA) und stellen Sie sie in der Stick-Darstellung dar. Was kann man über die Anordnung der Heteroatomgruppen sagen?
6. Laden Sie das Programm SwissPDBViewer von http://www.expasy.org/spdbv und installieren Sie es.
7. Finden Sie in SwissProt den Eintrag für P41047 und speichern Sie ihn im FASTA-Format als "fasl.txt" ab.
8. Folgen Sie den Anweisungen des Tutorials, um die Struktur von FasL mit den Strukturen von 1TNRA und 1TUNA zu modellieren