Seminar Genomics und Datenbanken

Studiengang Molekulare Biotechnologie
Sommersemester 2004
Dozenten: Dr. Rainer König, Dr. Agnes Hotz-Wagenblatt, Dipl.-Inform. Med. Falk Schubert, Dipl.Ing. Rolf Kabbe
Seminarraum 11, INF 366
Mittwochs, 11.15 - 13.00

kurze Inhaltsangabe

• 21.4.04 Organisatorisches, Themenvorstellung, erste Vergabe mit (vorlaeufigen) Terminen
  Folien (pdf)
  
  
  
• 28.4.04 Vorlesung: Einfhrung in relationale Datenbanken (Kabbe)
  Folien
  
  Proteinstrukturdatenbanken (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * The Protein Data Bank (PDB) - Datenbank der Proteinstrukturen
  Berman, H.M. et al. (2000). Nucleic Acids Res., 28, 235-242
  Vortragende:Stefanie Fesser
  Folien
  * Structural Classification of Proteins Database (SCOP)
  Murzin, A.G. et al. (1995). J. Mol. Biol., 247, 536-540
  Lo Conte, L. et al. (2002). Nucleic Acids Res., 30, 264-267
  Vortragender: Johannes Fredebohm
  Folien
  
  
  
• 5.5.04 Signaltransduktion (Leitung: König)
  
  * The Hallmarks of Cancer
  Hanahan, D., Weinberg, R.A. (2000). Cell, 100, 57-70.
  Vortragende: Elaine Haase
  Folien Ausarbeitung
  * Molecular Interaction Map of the Mammalian Cell Cycle Control and DNA Repair System
  Kohn, K.W. (1999). Mol. Biol. Cell., 10, 2703-2734.
  Vortragende: Kathi Fröhlich
  Ausarbeitung
  
  Datenbanken zu metabolischen Netzen (Leitung: König)
  
  * The KEGG resource for deciphering the genome Kanehisa, M. et al. (2004). Nucleic Acids Res., 32, D277-D280.
  Vortragende: Mirjam Geibel
  Folien Ausarbeitung
  * A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters Ogata, H. et al. (2000). Nucleic Acids Res., 28, 4021-4028.
  Vortragender: Samuel Bandara
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
• 12.5 Datenbanken zu metabolischen Netzen (Leitung: König)
  
  * The EcoCyc Database
  Karp, P. et al. (2002). Nucleic Acids Res., 30, 56-58. Pathway Databases: A Case Study in Computational Symbolic Theories Karp, P. (2001). Science, 293, 2040-2044.
  Vortragende: Nora Rieder
  Folien Ausarbeitung
  
  Netzwerk-Topologien (Leitung: König)
  
  * Exploring complex networks
  Strogatz, S.H. (2001), Nature, 410, 268-276.
  Vortragende: Michaela Föhner
  Folien Ausarbeitung
  * Hierachical Organisation of Modularity in Metabolic Networks Ravasz, E. et al. (2004). Science, 297, 1551-1555.
  alternativ: The large scale organisation of metabolic networks Jeong, H. et al. (2000). Nature, 407, 651-654.
  Vortragender: Felix Bonowski
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
• 19.5 Assoziationsdatenbank STRING (Leitung: König)
  
  * Exploitation of gene context Huynen, M. (2000). Curr. Op. Struct. Biol., 10, 366-370.
  Vortragender: Steffen Wolff
  Folien Ausarbeitung
  * STRING: a database of predicted functional associations between proteins
  von Mering, C. (2003). Nucleic Acids Res., 31, 258-261.
  Genome evolution reveals biochemical networks and functional modules von Mering, C. (2003). Proc. Nat. Acad. Sci., 100, 15428- 15433.
  Vortragender: Johannes Horlemann
  Folien Ausarbeitung
  
  Genexpression-Profiling mit SAGE (Leitung: König)
  
  * Serial Analysis of Gene Expression
  Velculescu, V.E. et al. (1995). Science, 270, 484-487.
  Vortragender: Jan-Philipp Stier
  Folien Ausarbeitung
  * Characterization of the c-Myc-regulated transcription by SAGE: Identification and analysis of c-Myc target genes
  Menssen, A. & Hermeking, H. (2002). Proc. Nat. Acad. Sci., 99, 6274-6279.
  Anschauung evtl. mit Biocharta (www.biocharta.com)
  Vortragender: Julian Scherer
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
• 26.5 Proteinfamilien und Domaenen (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * The Pfam Protein Families Database
  Bateman, A. et al. (2000). Nucleic Acids Res., 28, 263-266
  Bateman, A. et al. (1999). Nucleic Acids Res., 27, 260-262
  Vortragender: Christian Quack
  Folien
  * The Systers protein sequence cluster set
  Krause, A., Stoye, J., Vingron, M. (2000). Nucleic Acids Res., 28, 270-272
  Theorie Clustering: Krause, A., Vingron, M. (1998). Bioinformatics, 14, 430-438
  Vortragende: Esther Breunig
  Folien
  
  EST-Cluster Datenbanken (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * Unigene Database
  .Pontius J.U. et al. (2003). The NCBI Handbook. Bethesda (MD): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene
  Vortragender: Martin Schulz
  Folien
  
  * Sequence Tag Alignment and Consensus Knowledge Base (StackPack Database)
  Miller, R.T. et al. (1999). Genome Res., 9, 1143-1155
  Vortragende: Marion Braun
  Folien
  
  
• 2.6. Clusters of Orthologous Genes (Leitung: Hotz- Wagenblatt)
  
  * Orthology - Was ist das und wie kann man es bestimmen
  Gogarten, J.P., Olendzenski, L. (1999). Curr. Opin. Genet. Dev., 9, 630-636 Storm, C.E.V., Sonnhammer, E.L.L. (2002). Bioinformatics, 18, 92-99 Sonnhammer, E.L.L., Koonin, E.V. (2002). Trends Genet., 18, 619-620
  * The COG (Cluster of Orthologous Genes) database
  Tatusov, R.L. et al. (2003). BMC Bioinformatics, 4, 41
  Tatusov, R.L. et al. (2001). Nucleic Acids Res., 29, 22-28
  Vortragender: Stefan Quint
  Folien
  
  * Hierarchy of Sequence-Dependent Features Associated with Prokaryotic Translation Lithwick, Gila and Margalit, Hanah (2003) Genome Research 13:2665-2673
  Vortragende: Tina Herbst
  Folien
  
  
  
• 9.6 Organization of annotation around large genomes (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * Ensembl Genome Database
  Hubbard, T. et al. (2002). Nucleic Acids Res., 30, 38-41
  Clamp, M. et al. (2003). Nucleic Acids Res., 31, 38-42
  Vortragender: Lars Ldicke
  Folien
  
  Access to Annotation Data (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * SRS (Sequence Retrieval System) and EnsMart
  Zdobnov, E.M. (2002). Bioinformatics, 18, 1149-1150
  Kasprzyk, A. et al. (2004). Genome Res., 14, 160-169
  Vortragender: Achim Boltz
  Folien Ausarbeitung
  
  Tissue microarrays (TMA) (Leitung: Schubert)
  
  * Bubendorf L, Nocito A, Moch H, Sauter G.: Tissue microarray (TMA) technology: miniaturized pathology archives for high-throughput in situ studies. J Pathol. 2001 Sep;195(1):72-9. Review.
  Vortragender: Wendelin Wolf
  Folien
  
  * Schraml P, Bucher C, Bissig H, Nocito A, Haas P, Wilber K, Seelig S, Kononen J, Mihatsch MJ, Dirnhofer S, Sauter G.: Cyclin E overexpression and amplification in human tumours. J Pathol. 2003 Jul;200(3):375-82.
  Vortragender: Helge Frebel
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
• 16.6 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (Leitung: Schubert)
  
  * Levsky JM, Singer RH: Fluorescence in situ hybridization: past, present and future. J Cell Sci. 2003 Jul 15;116(Pt 14):2833-8. Review.
  Fr den Vortrag waere es ausserdem sinnvoll, Lehrbuchwissen nachzuschlagen.
  Vortragender: David Oswald
  Folien
  Ausarbeitung
  
  * Ginestier C, Charafe-Jauffret E, Penault-Llorca F, Geneix J, Adelaide J, Chaffanet M, Mozziconacci MJ, Hassoun J, Viens P, Birnbaum D, Jacquemier J.: Comparative multi-methodological measurement of ERBB2 status in breast cancer. J Pathol. 2004 Mar;202(3):286-98.
  Schwerpunkt FISH, andere Methoden kurz erkl�en.
  Vortragender: Dennis von Berlepsch
  Folien Ausarbeitung
  
  Single nucleotide polymorphisms (SNPs) (Leitung: Schubert)
  
  * Botstein D, Risch N.: Discovering genotypes underlying human phenotypes: past successes for mendelian disease, future approaches for complex disease. Nat Genet. 2003 Mar;33 Suppl:228-37. Review.
  Vortragender: Roland Heym
  Folien Ausarbeitung
  
  * Kwok PY.: Methods for genotyping single nucleotide polymorphisms. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2001;2:235-58. Review.
  Vortragende: Steffi Cordier
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
• 23.6 Comparative genomic hybridisation (CGH) (Leitung: Schubert)
  
  * Kallioniemi A, Kallioniemi OP, Sudar D, Rutovitz D, Gray JW, Waldman F, Pinkel D.: Comparative genomic hybridization for molecular cytogenetic analysis of solid tumors. Science. 1992 Oct 30;258(5083):818-21.
  Vortragender: Jakob Zipprich
  Folien Ausarbeitung
  
  * Rieker RJ, Joos S, Bartsch C, Willeke F, Schwarzbach M, Otano-Joos M, Ohl S, Hogel J, Lehnert T, Lichter P, Otto HF, Mechtersheimer G.: Distinct chromosomal imbalances in pleomorphic and in high-grade dedifferentiated liposarcomas. Int J Cancer. 2002 May 1;99(1):68-73.
  Vortragender: Jens Keienburg
  Folien Ausarbeitung
  
  Standards und Ontologien I (Leitung: Kabbe)
  
  * Desgin and implementation of microarray gene expression markup language, Spellman et all, genomebiology.com
  Vortragende: Evelyn Sollner
  Folien Ausarbeitung
  
  * Microarray databases: standarts and ontologies, Stoeckert et all, Nature Genetics
  Vortragender: Moritz Menacher
  Folien Ausarbeitung
  
  * eVOC: A Controlled Vocabulary for Unifying Gene Expression Data, Kelso et all, Genome Research
  Vortragende: Paulina Paszkiewicz
  Folien Ausarbeitung
  
  
  
  
  
• 30.6 Matrix-CGH (Leitung: Schubert)
  
  *Pinkel D, Segraves R, Sudar D, Clark S, Poole I, Kowbel D, Collins C, Kuo WL, Chen C, Zhai Y, Dairkee SH, Ljung BM, Gray JW, Albertson DG. High resolution analysis of DNA copy number variation using comparative genomic hybridization to microarrays. Nat Genet. 1998 Oct;20(2):207-11.
  Vortragender: Aram Sayadian
  Folien
  
  * Schwaenen C, Nessling M, Wessendorf S, Salvi T, Wrobel G, Radlwimmer B, Kestler HA, Haslinger C, Stilgenbauer S, Dohner H, Bentz M, Lichter P. Automated array-based genomic profiling in chronic lymphocytic leukemia: development of a clinical tool and discovery of recurrent genomic alterations. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jan 27;101(4):1039-44.
  Vortragender: Thomas Horn
  Folien Ausarbeitung
  
  EST-Cluster Datenbanken (Leitung: Hotz-Wagenblatt)
  
  * Expressed sequence tags: alternative or complement to whole genome sequences?
  Stephen Rudd, Trends in Plant Science (2003) 8, no. 7, 321-329
  EASED: Extended Alternatively Spliced EST Database Pospisil, H. et al., 2004, Nucleic Acids Res. 32, Database issue, D71-74
  Refined Annotation of the Arabidopsis Genome by Complete Expressed Sequence Tag Mapping Zhu, W., Schlueter, S.D., Brendel, V., 2003, Plant Physiology, 132, 469-484
  Vortragender: Lars K�ig
  Folien
  
  
  
• 7.7 nichts
  
  
  
• 14.7 Ontologien
  
  * Minimum information about a microarray experiment (MIAME) - towards standards for microarray data, Brazma et all, Nature Genetics
  Vortragender: Marc Matuszewska
  Folien Ausarbeitung
  
  * Gene Ontology, Hintergrund und Anwendung
  An Introduction to Gene Ontology, http://www.geneontology.org/GO.doc.html
  Vortragende: Ulrike Quitsch
  Folien Ausarbeitung
  
  * The Gene Ontology Annotation (GOA) Project: Implementation of GO in SWISS-PROT, TrEMBL, and InterPro, Camon et all, Genome Research
  Vortragende: Lisa Steinbrück
  Folien Ausarbeitung
  
  
• 21.7 Nachholtermin
  
  
  * The Stanford Microarray Database,http://genome-www5.stanford.edu
  Vortragende: Andrea Marschall
  Folien
  
  * EMBL-EBI : ArrayExpress,http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
  Vortragender: Christian Gojak
  Folien
  
  
  
  

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Rainer Koenig-